后便召见杨锐，让他带出一份密诏（俗称衣带诏）。
这份密诏一开始说，太后不愿将法尽变，不愿将昏庸老臣罢黜，而用通达英勇之人，以为恐失人心。虽朕多次降旨整顿，但圣意（指太后）坚定，终恐无济于事。因此，他说，他也知道国家积弱不振，是这些昏庸之辈所误，但要把他们都罢掉，“则朕之权力实有未足。果使如此，则朕位且不能保，何况其他”。接下去密诏又说：
今朕问汝：可有何良策，俾旧法可以全变，将老谬昏庸之大臣尽行罢黜，而登进通达英勇之人，令其议政，使中国转危为安，化弱为强，而又不致有拂圣意。尔其与林旭、刘光第、谭嗣同及诸同志等妥速筹商。密缮封奏，由军机大臣代递。俟朕熟思，再行办理。朕实不胜十分焦急翘盼之至。特谕。
从这份密诏看，其重点在于如何调和与太后之间的矛盾，用光绪的话说就是“俾旧法可以全变”，“而又不致有拂圣意”。（按：从密诏内容看，太后并不反对变法，只是反对“将法尽变”。她与光绪的分歧主要是在“尽变”上，故有调和的余地。）
这份密诏是写给杨锐、林旭、刘光第、谭嗣同四人的，并未提及康有为。但戊戌变法失败后，康有为逃亡海外，对外公布的密诏与此有很大的不同。内容如下：
朕维时局艰难，非变法不能救中国，非去守旧衰谬之大臣，而用通达英勇之士，不能变法，而太后不以为然；朕屡次几谏，太后更怒。今朕位几不保，汝可与谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第及诸同志等妥速筹商，设法相救。朕十分焦灼，不胜企望之至。特谕。
从上下两道密诏看，无论内容还是口气都差异甚大。原谕是给杨锐等四人的，现在变成了给康有为等五人。这个并不重要，重要的是“设法相救”一语，性质完全不同。有学者研究表明，康有为的这份密诏显系伪造，结果是害了光绪，毁了变法。这是后话。
以上是光绪的第一份密诏。光绪的第二份密诏是由林旭带出的，时间在9月17日（八月初二日）。这份密诏倒是传给康有为的。谕云：
朕今命汝督办官报，实有不得已之苦衷，非楮墨所能罄也。汝可迅速出外，万勿延迟。汝一片忠爱热肠，朕所深悉。其爱惜身体，善自调摄。将来更效驰驱，共建大业，朕有厚望焉。特谕。
在传这道密诏时，光绪还发一道明谕。大意是，工部主事康有为，前命其督办官报局，此时闻尚未出京，实堪诧异。诚以报馆为开民智之本，职任不为不重。着康有为迅速前往上海，毋得迁延观望。早在7月26日，守旧派攻击康有为甚力时，光绪就任命康有为到上海督办官报，这是一种保护措施。但康一直未走，现在发这道明谕不过是官样文章，做给外界看的。而让林旭传给康有为的密诏却语重心长，吐露了心声。
这道密诏与上一道密诏在想法上是一致的，都是为了缓和与太后之间的紧张关系。而且，为了达到这一目的，光绪已做好暂时退让妥协的准备，打算从长计议。他在给康的密诏中说到“将来更效驰驱，共建大业，朕有厚望焉”，意思也很明确。他嘱康有为迅速离京，也是出于这一想法。因为康有为是维新派领袖，许多变法举措，包括争议甚大的开懋勤殿等，都是他提出的。他已成为守旧派的眼中钉、肉中刺。光绪让他离开，也是为了避免矛盾进一步激化。
哪知，这道密诏到康有为手中却适得其反。据康有为说，他奉到密诏，“即涕泣彷徨，奔走求救”。他召集谭嗣同、梁启超等紧急密商，筹划营救之策，最后形成一个策动袁世凯起兵勤王的计划。
9月18日晚，谭嗣同夜访袁世凯，策动其诛荣禄，围颐和园。袁世凯在谭的逼迫下，表面答应，实则推诿。他提出部队现在小站，距京二百余里，且枪弹火药皆在荣禄处，不便行动，不如等天津阅兵时诛杀荣禄更为妥帖。
然而，9月19日晚，西太后提前回宫。21日便将光绪囚禁瀛台。紧接着，太后宣布训政，变法旋即归于失败。
戊戌变法的失败使清王朝失去了最后一次改革的机会。导致变法失败的原因很多。从古至今，中国历史上失败的改革屡见不鲜，但像戊戌变法这样昙花一现的并不多见。保守派势力强大固然是导致其失败的主因，但维新派自身也问题多多，尤其在改革的最后阶段昏招迭出，也难辞其咎。历来成大事者，必有大格局。作为改革领袖，康有为显然并不称职，充其量只是一个思想鼓动家，何况他的人品还广受质疑。有分析认为，他从和平变法转向武装夺权，不仅大错特错，而且背后有着严重的私利在作怪。在变法过程中，他一直在为登上高位而努力。但这个努力由于保守派的阻力迟迟不能实现，这让他心有不甘。8月间，康有为为开懋勤殿积极活动，这是他登上高位的最后机会，但是，随着新旧对立激化，这一方案眼看成为泡影。皇帝让他迅速离京，准备暂作退让，但他却召集部分维新人士铤而走险，致使事情一发不可收拾。
更令人不耻的是，他逃亡海外后，为了抬高自己，篡改光绪密诏，使光绪原意完全改变。慈禧闻之大怒